微商城和小程序商城有以下区别：

1. 平台差异： 微商城是手机端商城，有网站链接，可以在浏览器打开，倍搜索引擎收录，通常指在微信公众号中搭建的商城平台，而小程序商城则是在微信小程序中进行搭建和运营的商城平台，是一款轻应用，依附在微信APP上面。

2. 支付差异： 微商城可以使用微信支付和其他快捷支付方式；而小程序商城基于微信，在微信内使用微信支付或银联快捷支付。

3. 用户体验：微商城主要在公众号菜单栏上打开，使用流程较繁琐。小程序则加载速度快、交互性强，可以在微信小程序上搜索商城，用户体验更好。

4. 推广效果： 小程序商城相较微商城更容易获得流量，用户可以直接通过扫码或搜索进入小程序，提高了推广效果和转化率。

5. 开发成本： 目前市面上两款产品开发成本差不多，优秀的开发商已经可以将两款商城合二为一，一起交互使用，“巨鲸小程序”团队可以做到微商城与小程序共同开发使用，并只收一份服务费用。

总的来说，微商城和小程序商城各有优势和特点，企业可根据自身需求和资源选择适合的平台进行建设和运营。希望以上信息对您有所帮助。